２００７年は高校生ドラフトが１０月３日、大学・社会人ドラフトが１１月１９日に行われる。

＜高校生ドラフト＞

　１巡目は入札制で行う。重複した場合は抽選（クジ引き）とし、全球団の１巡目が確定するまで行う。２巡目以降はウエーバー方式で行う。大学・社会人ドラフト１巡目を回避した球団は、高校生ドラフトの２巡目に優先権が与えられる。なお西武は裏金問題のペナルティーにより上位２選手の指名ができない。

＜大学・社会人ドラフト＞

　希望枠が廃止された。１巡目は入札制、重複した場合は抽選とし、全球団の１巡目が確定するまで行う。２巡目以降はウエーバー方式で行う。高校生ドラフト１巡目を回避した球団は、大学・社会人ドラフトの２巡目に優先権を与えられる。

＜ウエーバー順＞

　今季のオールスター戦で全セが２勝したため、高校生ドラフトのウエーバー優先権は、３年続けてセ・リーグが得た。１巡目の指名が重複したときは抽選だが、２巡目からはウエーバーで進み、高校生ドラフト実施日の１週間前の順位の逆順に基づき、広島、オリックス、ヤクルト、楽天、横浜、西武、阪神、ロッテ、中日、ソフトバンク、巨人、日本ハムの順で優先権を持つ。大学・社会人は日本シリーズの勝敗で決まる。