自由党の山本太郎共同代表は２８日の参院予算委員会で、安倍晋三首相に対し、森友学園の問題をめぐる一連の経緯の責任を取って、「一刻も早く責任を取ってもらい、辞めていただきたい」と辞職を要求した。「あなたのもとで起きた不祥事だ。（首相が意欲を示す）真相究明や再発防止は、次のリーダーのお仕事です」と、主張した。

　山本氏は、「行政で公文書の改ざんが行われ、うそをベースに（昨年２月から）１年も国会が続けられた。国会も国民が欺かれ続けた。その責任を誰が取れるのか。トップですよ、あなたですよ」と指摘。「いつ辞めていただけるんですか」と迫った。

　首相は「国民の信頼を揺るがす事態になっていることは、行政の長として責任を痛感している。行政の最終的な責任は、内閣総理大臣たる私にあるのは事実だ」とした上で、「なぜこのような問題が起きたか、徹底的に明らかにする責任を果たしていかなければならない。私に責任、辞職を求められているので、しっかり説明させていただかなければならないが、その上で責任をどう果たすかは、私の中で判断することだ」と述べた。

　山本氏は「往生際の悪い、地位に恋々としがみつく。そんなみっともないリーダーなんてやめてくださいよ」と主張。ロッキード事件では衆議院で２４人の証人喚問が行われたとして、「『アッキード事件』ではまだ籠池（泰典被告）さんしか出てきていない。自民党の皆さん、真相究明にはこれからガンガン証人を呼ばないといけないので、逃げないでほしい」と述べ、昭恵夫人や夫人付き職員だった谷査恵子氏らの証人喚問を求めた。