１９６９年のエクスパンションで誕生。初年度から６年連続で最下位だったが、７８年に初めて勝率５割を突破。８４年には創立１６年目にして念願のリーグ優勝を果たした。９８年、２度目のワールドシリーズ進出を決めたが、ヤンキースに０−４で敗れた。８４〜９７年の間に８度もの首位打者を獲得した「安打製造機」トニー・グウィンが引退し、看板選手が不在となった。だが、大塚晶則が加入した０４年は６年ぶりの勝ち越しで、観客動員も球団史上初めて３００万人の大台を突破。新球場ペトコパーク元年を飾った。０５年は７年ぶりに地区優勝したが、地区シリーズでカージナルスに０−３といいところがなかった。

　０６年２月６日、通算３９７本塁打の前メッツのマイク・ピアザ捕手と契約。背番号は、長い間つけていた「３１」がパドレスでは永久欠番のため「３３」になる。ピアザは「監督の指示通りにプレーするだけ」。