Ｊリーグは１９日、来年のアジア・チャンピオンズリーグ（ＡＣＬ）に日本から４クラブが出場することに伴い、来季のナビスコ杯の大会方式変更を発表した。１次リーグはＡＣＬ出場の４チームを除くＪ１の１４チームを２組に分け、１回戦総当たりで実施。各組の上位２チームが準々決勝に進む。

　ＡＣＬに出場する鹿島、川崎Ｆ、名古屋と天皇杯全日本選手権（２００９年元日決勝）優勝チームの４クラブは準々決勝から登場する。

　今年はＡＣＬ１次リーグに出場したＧ大阪と鹿島を除く１６チームが４組に分かれて１次リーグを行った。