コロナ禍で新様式のドラフト会議となった。無観客で12球団は十分に換気された各個室に分かれた。出席者は各球団6人までで、アクリル板で仕切り、マスクも着用。1位指名で重複した時は、くじ引きを行う別室に代表者が集合した。「行ってきます！」と声高らかに抽選に向かうシーンも映され、入室時には手をアルコール消毒した。

当初は11月5日に開催予定だったが、開幕が大幅に遅れ、公式戦日程と重なるために前倒しして実施。シーズン中で順位が確定しなかったため、2位以降のウェーバー順は25日時点の順位で決めた。高校生と大学・社会人など分離開催した年を除くと、公式戦閉幕前の開催は初めてだった。日本野球機構（NPB）の井原事務局長は「コロナ対応ということで、異例のオペレーションになったが、皆様のご協力があり、無事に終わりました」と話した。