社団法人日本野球機構は18日、東京国税局の税務調査を受けて修正申告をしたと発表した。07年9月期までの4年間の所得で申告漏れを指摘され、過少申告加算税などを含む2億8089万3800円の追徴課税を10日に支払った。根来コミッショナー代行は「過去40年間、税務署の指導に従って正当に納税してきたが、このほど見解の相違が生じたため修正した。決して不当に納めてきたわけではない」と説明した。主な理由として審判員や記録員にかかる費用が挙げられた。この費用は機構が主催する日本シリーズの経費として計上し認められてきたという。だがペナントレースは球団主催のため、この分が機構から球団への利益供与にあたると指摘された。