厚労省はワクチンに関するサイトの中で、副反応について「注射した部分の痛み、頭痛などがみられることがある。まれな頻度でアナフィラキシー（急性のアレルギー反応）が発生する」などと説明している。接種後、くも膜下出血や急性大動脈解離が起きたという事例が報告されているが、厚労省側は「現時点で接種した人の方が接種していない人よりも、こうした病気が起こりやすいと確認されたとの報告はない。これらの病気は接種しない人にもある程度の頻度で起こっている。時間的に前後関係があっても必ずしも接種のために起こった（因果関係のある）“副反応”というわけではない」としている。

アストラゼネカ社のワクチンではまれに血栓症が起きるとの報告もある。現在日本で使われているファイザー社やモデルナ社については「現時点では、同様の血栓症と関連性があると評価された事例は確認されていない」という。また、まれに心筋炎や心膜炎の報告もあるとし「軽症の場合が多く、リスクがあるとしても、接種のメリットの方がはるかに大きいと考えられている」としている。