大会本部は31日、閉会式で応援団賞の受賞校を発表し、最優秀賞には21世紀枠で75年ぶり2回目の出場の長崎西（長崎）を選出した。

大会本部は「75年ぶりのセンバツ出場にわく在校生や卒業生らがアルプススタンドをスクールカラーのえんじ色に染め、楽しみながら一体感のある応援を繰り広げていたことが高く評価された。吹奏楽部は野球部マネジャーが作詞作曲したチャンステーマ『西高サンバ』を長崎東高校吹奏楽部などの応援を受けて演奏し、応援団が体で「NISHI（西）」の文字を表現して盛り上げた」と、評価。初戦で滋賀学園に敗れたが、大応援団が盛り立てた。

優秀賞は佐野日大（栃木）、専大松戸（千葉）、崇徳（広島）の3校が選ばれた。