衆院議員時代、女性初の防衛相に就いた経験を持つ東京都の小池百合子知事は17日の定例会見で、現役自衛官が12日の自民党大会で君が代を歌唱し、批判が出ていることへの認識を問われ、「自衛隊は国民からの信頼が何よりも求められており、誤解を招きかねない行動は慎むべきではなかったかなと思う」と述べた。　今回の問題では、自衛隊61条で自衛隊員の政治的行為が制限されていることなどから、野党などから批判や疑問が相次いでいる。小泉進次郎防衛相は会見や国会答弁で「職務ではなく、私人としての歌唱」として法律には抵触しないとの認識を示した上で、当該隊員の党大会出席は事前に自身への報告が上がっていなかったとして、今後は幹部への報告や関係部署の情報共有を徹底するとしている。

小池氏は「法律的な考え方や見方、いろいろと論じられるところはあるかと思う」とした上で、「こういう課題が防衛省内でどこまで、どう、知らされていたのかが不明」と指摘。「そういう情報の伝達を、課題の重要性の軽重の判断からどこまでだれに判断を申し出るのかとか、そういう情報の伝達は、自衛隊のみならず行政やあらゆる組織で言えること」とした上で、「特に自衛隊は、国民からの信頼が何よりも求められている。誤解を招きかねない行動は、慎むべきではなかったかなと思います」と、述べた。

一方、君が代を歌唱した女性自衛官については「すばらしい声の持ち主。このことによって、彼女が傷つかないようにしてほしいなというふうに思っています」と、気遣った。

この問題について高市早苗首相は14日、「私人として、旧知の民間の方から依頼を受けた」とした上で、「法律的に問題はない」と主張。一方、木原稔官房長官は15日の衆院内閣委員会で、「法的に問題なくても、政治レベルの政務三役や官房長、事務次官まで（情報が）上がっていればまた、別の判断があったと思う。法律に違反することと、政治的に何か誤解を招くようなことがないかは、別の問題。それはしっかり反省すべきだと思う」との見解を示している。