１区（１４・６キロ）でいきなり波乱が起きた。連覇を狙う青学大が１０位、出雲駅伝との２冠を狙う東海大が８位とともに出遅れた。

　第一工大・ギチア、東洋大・相沢らがレースを引っ張り、６人前後が先頭集団に。しかし青学大・中村祐紀（４年＝大阪桐蔭）は早々に集団から離脱し後退。中盤以降もペースを上げられず、苦しいレース運びとなった。また、出雲駅伝との２冠を狙う東海大も、鬼塚翔太（２年＝大牟田）が１２キロ過ぎで先頭集団から遅れた。

　４３分２４秒の東洋大がトップでリレー。優勝候補と目される２校が出遅れる、波乱の幕開けとなった。