4地区分離で開催される福岡県独自の代替大会の筑後地区大会（7月4日開幕）の組み合わせ抽選が26日に行われた。グループA～Fの6組で1次リーグを行い、その後各リーグの上位2校による決勝トーナメントを行う。代替大会不参加校を救済する公式戦「がんばれ福岡2020　筑後地区高等学校野球交流大会」に出場予定だった八女と三潴の2校は予定を変更し、筑後地区大会に出場する。福岡、北九州、福岡中央地区の組み合わせは後日発表で、4地区代表による福岡県大会は行わない。全試合無観客のため、日時や会場は非公開で開催される。

◆福岡・筑後地区の順位決定方法　A～Eリーグ（3チーム）とFリーグ（4チーム）により、全てのリーグで各校2試合を戦い、対戦結果を5回コールド勝ち10ポイント、5回コールド負け－10ポイント、引き分け1ポイントなど細かいポイント化で1、2位校の順位を決定。各リーグ上位2校による決勝トーナメントを行う。