大会本部は22日、第3試合山梨学院－長崎日大で公認野球規則適用の誤りがあったと発表した。

7回裏の長崎日大の先頭打者が2ボールとなったところで山梨学院からの申告により投手が交代。公認野球規則5．10（i）によりアウトになるか一塁に達するまで投球の義務があるが、気づけずに交代を受け付けた。大会本部は「両チームにもおわびしました。気づけずに交代を受け付けてしまい大変申し訳ありません」と謝罪した。