センバツ出場校を決める選考委員会が大阪市内で開かれ、記念大会のため例年より4校多い36校(一般選考枠32校、21世紀枠3校、神宮大会枠1校)が決定した。
候補校に挙がりながら選出されなかった各地区の主な高校は以下の通り(記録は各地区大会成績)。
◆北海道地区
北海(北海道大会準優勝)
◆東北地区
聖光学院(福島=東北大会4強)
◆関東・東京地区
横浜(神奈川=関東大会8強)、昌平(埼玉=同8強)、山村学園(埼玉=同8強)
日大三(東京大会4強)、帝京(同4強)
◆東海地区
加藤学園(静岡=東海大会4強)
◆北信越地区
松商学園(長野=北信越大会4強)、福井商(同4強)
◆近畿地区
高田商(奈良=近畿大会8強)
◆中国・四国地区
高川学園(山口=中国大会4強)、鳴門(徳島=四国大会4強)
◆九州地区
明豊(大分=九州大会8強)、西日本短大付(福岡=同8強)
◆21世紀枠
稚内大谷(北海道)、由利(秋田)、木本(きのもと=三重)、小野(兵庫)、神辺旭(かんなべあさひ=広島)、高鍋(宮崎)