3月18日に開幕するセンバツ大会の組み合わせ抽選会がオンラインで行われ、開幕戦の浦和学院（埼玉）－大分舞鶴（21世紀枠＝大分）など初戦の相手が決まった。

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優勝候補の大阪桐蔭は鳴門（徳島）と対戦。昨秋関東大会優勝の明秀学園日立（茨城）は大島（鹿児島）と対戦。高校通算50本塁打の佐々木麟太郎内野手（1年）の花巻東（岩手）は市和歌山との対戦が決まった。1回戦16試合の組み合わせは以下の通り。

【第1日】

▽第1試合：浦和学院（埼玉）－大分舞鶴（21世紀枠＝大分）（午前10時00分）

▽第2試合：和歌山東－倉敷工（岡山）（午後12時30分）

▽第3試合：クラーク（北海道）－九州国際大付（福岡）（午後3時00分）

【第2日】

▽第1試合：広陵（広島）－敦賀気比（福井）（午前9時）

▽第2試合：長崎日大－京都国際（午前11時30分）

▽第3試合：二松学舎大付（東京）－聖光学院（福島）（午後2時00分）

【第3日】

▽第1試合：山梨学院－木更津総合（千葉）（午前9時）

▽第2試合：日大三島（静岡）－金光大阪（午前11時30分）

▽第3試合：高知－東洋大姫路（兵庫）（午後2時00分）

【第4日】

▽第1試合：国学院久我山（東京）－有田工（佐賀）（午前9時）

▽第2試合：星稜（石川）－天理（奈良）（午前11時30分）

▽第3試合：只見（21世紀枠＝福島）－大垣日大（岐阜）（午後2時00分）

【第5日】

▽第1試合：花巻東（岩手）－市和歌山（午前9時）

▽第2試合：大島（鹿児島）－明秀学園日立（茨城）（午前11時30分）

▽第3試合：丹生（21世紀枠＝福井）－広島商（午後2時00分）

【第6日】

▽第1試合：鳴門（徳島）－大阪桐蔭（午前9時）

※第2試合から2回戦