6区（20・8キロ、芦ノ湖～小田原）で、2日の往路を制した青学大は前回同区間2位の野村昭夢（4年）が、初めて56分台に突入する56分47秒の驚異的な区間新記録を樹立。20年大会で東海大の館澤亨次（当時4年）がマークした57分17秒を30秒も更新した。
序盤から区間新ペースで快走し、1分47秒差の2位スタートの中大の浦田優斗（4年）との差を、小涌園前（9・1キロ）で2分54秒に広げ、最終的には3分50秒の大差がついた。
4位スタートの駒大の伊藤蒼唯（3年）も区間記録に迫るスピードで飛ばし、12キロ手前でスタート時に47秒差あった早大の山崎一吹（2年）を抜いて3位に浮上したが、16キロ付近で山崎が再び追い付き、並走して競り合ったが、18キロすぎに伊藤が一気に突き放し、2位中大に18秒差まで迫った。
3冠を狙う国学院大は順位を一つ落として7位に後退した。
