今春センバツに出場する21世紀枠は、ともに初出場の横浜清陵（神奈川）と壱岐（長崎）の2校が選出された。
公立校の横浜清陵は、昨秋に全国屈指の激戦区の神奈川県大会を勝ち上がり、地区予選から7勝を積み重ねて8強入り。準々決勝では東海大相模に0－5で敗れたものの、大きな存在感を示した。
関東地区の推薦校を選ぶ際には、計25人の部員主導で部の方針を話し合って決める「部活動自治」の取り組みも評価されていた。指揮官は00年センバツで東海大相模の一員として優勝を経験している野原慎太郎監督（42）が務める。
壱岐は玄界灘に浮かぶ離島で、博多から高速船で約1時間かかる壱岐島にある。昨秋の県大会では決勝まで勝ち上がり、海星に惜しくも4－6で敗れ準優勝。九州大会では1回戦で専大熊本を6－3で下し、準々決勝ではエナジックスポーツ（沖縄）に2－9で敗戦したが、快進撃をみせて地元に勇気と感動を届けた。
全国各地区の推薦校となっていた久慈（岩手）、名古屋たちばな（愛知）、小松工（石川）、山城（京都）、大田（島根）、高松東（香川）は選考に漏れた。
