復路は往路1位の青学大がスタートした10分後に、史上最多タイの16校が一斉繰り上げスタートとなった。
このためシード権（10位以内）争いで、走っている順位と正式順位が相違する混乱が起きた。青学大が5時間18分13秒の往路新記録をマークした影響も大きいが、一部の監督からは10分後のスタートに疑問の声も出ていた。山梨学院大の元監督で関東学連の上田誠仁・駅伝対策委員長は「たとえスタートを15分後にしても道路規制の関係で（中継点で繰り上げスタートする）20分は変えられない。スタートで救っても、次の繰り上げが早くなるということになる。安全の担保もある。そこは痛しかゆし」とコメントした。
