3回戦を突破したチームによる準々決勝の組み合わせ抽選が行われた。浦和学院(南埼玉)、報徳学園(東兵庫)、済美(愛媛)、大阪桐蔭(北大阪)がこの日ベスト8入り。4年ぶり8強進出の大阪桐蔭(北大阪)は18日(第14日)の第1試合で浦和学院(南埼玉)と、地元の報徳学園(東兵庫)は済美(愛媛)と同第2試合で対戦する。

 残る2試合の組み合わせは、17日の3回戦4試合後、勝者の抽選で決定する。

 大阪桐蔭は浦和学院は12年センバツの準々決勝で対戦しており、大阪桐蔭が9回に逆転勝利(3-2)を収めている。藤浪晋太郎(現阪神)、森友哉(現西武)らを擁し大阪桐蔭は優勝。同年夏も制し史上7校目の春夏連覇を果たしている。

 報徳学園と済美は春夏通じて初対戦となる。

 3回戦の組み合わせは以下の通り。

【18日】

▽第1試合:大阪桐蔭(北大阪)-浦和学院(南埼玉)

▽第2試合:報徳学園(東兵庫)-済美(愛媛)

▽第3試合:17日(第13日)の3回戦の勝者

▽第4試合:17日(第13日)の3回戦の勝者