回戦の4試合が行われ、勝った4校が再抽選を実施。19日に行われる準々決勝2試合の組み合わせが決まった。

第1試合は令和に入って日本一を経験する2校が激突。昨夏日本一で史上7校目の夏連覇を狙う京都国際は第1試合で23年センバツ王者の山梨学院と対戦する。また、第2試合は「東西東京対決」となった。昨夏準優勝の関東第一（東東京）と日大三（西東京）が対戦する。

準々決勝に進出する残りの4校は17日に行われる3回戦4試合で組み合わせが決まる。19日・準々決勝の組み合わせは以下の通り。

▽第1試合（午前8時開始）京都国際－山梨学院

▽第2試合（午前10時30分開始）関東第一－日大三

◆東京勢がアベック8強　関東第一、日大三が8強入り。東京勢が東西2代表となった74年以降、2校の8強は15年（関東第一、早実）以来10年ぶり5度目。95年は今大会と同じように準々決勝で東京対決になり、帝京が8－3で創価に勝った。

◆東京対決　準々決勝で日大三と関東第一が対戦。甲子園の東京勢対決は春夏通算で過去4度あり、72年春は決勝で190センチの「ジャンボ仲根」こと日大桜丘・仲根正広が日大三を5－0で完封し優勝。77年夏は当時の組み合わせ抽選で同地区が考慮されず初戦対決となり、川又米利らの早実が桜美林に4－1で勝利。95年夏は準々決勝で帝京・白木隆之が自らの本塁打などで創価に8－3の完投勝利。この年の帝京は優勝した。10年夏は関東第一が山下幸輝の2ランなどで早実に10－6で打ち勝った。