ドラフト会議は育成枠も含めすべての指名が終了した。高校生ではセンバツ優勝でU18日本代表の健大高崎（群馬）箱山遥人捕手、甲子園に4度出場しU18日本代表の広陵（広島）高尾響投手、メジャーリーグ挑戦を表明した桐朋（東京）の森井翔太郎投手らが指名漏れした。
大学生では清原和博氏の長男、慶大・清原正吾内野手、大学日本代表の早大・印出太一捕手、同じく大学日本代表の立正大・飯山志夢外野手らが指名を受けなかった。
社会人ではNTT東日本・野口泰司捕手、東京ガス・中尾勇介外野手らが指名漏れした。また今季イースタン・リーグで首位打者を獲得したオイシックス知念大成外野手も指名されなかった。
主な指名漏れ選手は以下の通り。
＜高校生＞
広陵・高尾響投手
健大高崎・箱山遥人捕手
作新学院・小川哲平投手
白鴎大足利・昆野太晴投手
浦和学院・三井雄心内野手
中央学院・颯佐心汰内野手
桐朋・森井翔太郎投手
横浜隼人・沼井伶穏投手
横浜・椎木卿五捕手
神村学園伊賀・寺井広大内野手
大社・藤原佑外野手
高知・平悠真投手
神村学園・正林輝大外野手
樟南・坂口優志内野手
＜大学生＞
慶大・清原正吾内野手
早大・印出太一捕手
法大・吉鶴翔瑛投手
法大・中津大和外野手
国学院大・柳舘憲吾内野手
青学大・児玉悠紀投手
亜大・北嶋洸太投手
立正大・飯山志夢外野手
中大・桜井亨佑外野手
東北福祉大・島袋皓平内野手
創価大・田代涼太投手
中部学院大・森翔太郎内野手
大阪経済大・林翔大投手
大阪経済大・柴崎聖人外野手
びわこ成蹊スポーツ大・新川朝耶投手
九州共立大・笹原愛斗捕手
＜社会人ほか＞
河北将太投手（エイジェック）
中島悠貴投手（茨城トヨペット）
生井惇己投手（日立製作所）
片山皓心投手（ホンダ）
寺嶋大希投手（NTT東日本）
阿部雄大投手（ENEOS）
西村王雅投手（東芝）
沢山優介投手（ヤマハ）
林田夢大投手（西部ガス）
目黒宏也投手（オイシックス）
佐藤友紀投手（茨城アストロプラネッツ）
安里海投手（BC神奈川）
野口泰司捕手（NTT東日本）
樫村昌樹内野手（日本製鉄鹿島）
斉藤大輝内野手（東芝）
相羽寛太内野手（ヤマハ）
中尾勇介外野手（東京ガス）
小口仁太郎外野手（ホンダ）
福本綺羅外野手（東海理化）
知念大成外野手（オイシックス）
