3区（21・4キロ、戸塚～平塚）はトップでタスキを受けた中大の中野翔太（3年）が、3秒差で続いた2位駒大の篠原倖太朗（2年）、同3位青学大の横田俊吾（4年）をすぐに引き離し、5キロ地点で7秒差をつけた。
トップと1分24秒差の6位でタスキを受けた出雲、全日本2位の国学院大の山本歩夢（2年）が3・6キロすぎに、4位山梨学院大の村上大樹（2年）と5位創価大の山森龍暁（3年）を一気に抜き去り、単独4位に浮上した。
一方、トップと1分49秒差の9位でタスキを受けた前回2位の順大のエース伊予田達弥（4年）も後方から猛然と追い上げて、5キロすぎに国士舘大、法大を抜き、8・7キロ地点で山梨学院大、創価大をかわして4人抜きで1度は5番手まで順位を上げたが、終盤に8位まで順位を下げ、14位でタスキを受けた早大の井川龍人（4年）が、9人抜きの快走をみせて5位までジャンプアップした。
トップを走る中大の中野は、2位を並走していた駒大の篠原、青学大の横田との差を少しずつ広げて、14・4キロの茅ケ崎のポイントでは17秒差をつけた。
18キロ手前で駒大の篠原がスパート。ずっと2位を並走してきた青学大の横田を引き離して単独2位となりトップを猛追した。
平塚中継所で中大の中野がトップをキープして1位でタスキをつなぎ、トップと9秒差で2位駒大の篠原、同36秒差で3位青学大の横田。4位が国学院大の山本、5位に早大の井川が続いた。
区間賞は1時間1分50秒で中大の中野が獲得。「（2区の）吉居が区間賞と聞いて、自分もと思っていた。自分も4区、5区に楽に走ってもらえるように区間賞取れてよかった。（優勝候補の駒大と青学大が後ろにいて）プレッシャーは感じていたが、しっかり自分の走りができればいけるかなと思った」とコメントした。
