日本バスケットボール協会は26日、男子の開志国際（新潟）の棄権を発表した。25日夜に、1回戦（24日）で対戦した専大付（東京）のチーム関係者に新型コロナウイルス感染が判明。濃厚接触者と判定される専大付の出場選手から陽性者が出る可能性が否定できず、開志国際の選手たちが濃厚接触者となる可能性を考慮して、協会側から棄権を指示した。3回戦の仙台大明成（宮城）は不戦敗となった。

24日に男子の光泉カトリック（滋賀）、25日には同じく実践学園（東京）が、入館時の検温で選手1人に発熱が認められて棄権した。23日には開幕直前に部員の感染が判明した同じく桐光学園（神奈川）が欠場を発表。多数の新型コロナウイルス感染者が出た男子の市船橋（千葉）と男女の土浦日大（茨城）が開幕前に欠場を発表しており、欠場は7チーム目。

大会のコロナ対策ガイドラインでは、出場校（120校）の1割が欠場する状況になれば、中止を含めた検討をすることになっている。現時点では消毒の強化や動線の分離を徹底して観客も入れて大会を継続するが、東京体育館が東京都に報告しており、東京都の判断には従うという。