21世紀枠4校目の選出は、激論がかわされた。

今回は東日本、西日本それぞれ1校ずつ選び、残り2校は東西に関係なく選んだ。まず、東日本からは東北地区の八戸西（青森）、西日本からは近畿地区の東播磨（兵庫）を選出。3校目には、九州地区の具志川商（沖縄）が決まった。

4校目の候補には、東海地区の三島南（静岡）と北信越地区の富山北部・水橋（富山）の2校が挙がったが、八田英二会長は「選考委員14人で議論を戦わせました」。両校それぞれの特色、取り組んでいる活動などを比較検討した。連合チームの定義についても話し合ったという。

かなりの時間を要したが、それぞれの学校を推す双方とも納得して合意するには至らなかった。そのため、最終的には選考委員による決選投票が行われ、三島南に決まった。富山北部・水橋は、連合チーム初の出場はならなかった。なお、得票数の内訳は明かされていない。