各校のエースがそろった2区（11・1キロ）で、初出場の創価大がトップに立った。

1区5位だったが、2・7キロ地点で、創価大の葛西潤（4年＝大阪・関西創価）と3連覇を目指す駒大のスーパールーキー、佐藤圭汰（1年＝京都・洛南）が、首位・大東大を一気に抜き去った。2人の並走が続いたが、10キロ手前から駒大・佐藤が葛西との差を徐々に付け始める。中継所直前で葛西がラストスパートし、駒大・佐藤をわずかにかわした。

1区で首位と10秒差の2位だった青学大は、白石光星（2年＝宮城・東北）がブレーキ。首位と2分11秒差の13位に後退した。

東京オリンピック（五輪）3000メートル障害7位入賞の順天堂大の三浦龍司（3年＝京都・洛南）は首位と23秒差の3位に順位を押し上げた。