四国の４校目は、昨秋の四国大会４強の高松商（香川）ではなく、８強の高知が選出された。高知は準々決勝で英明（香川）に７－８と惜敗。一方、高松商は同じ英明に準決勝で２－１２と６回コールドで敗退した。選考委員の中でも高知を推す意見が多数も当初は７－３と意見が分かれたが、３０分の時間をおいた再審査で試合内容を精査し、総意で高知に決まったと説明された。

　関東・東京の６校目も議論がなされた。関東では関東大会８強敗退の中で善戦した国学院栃木と高崎健康福祉大高崎（群馬）の２校で議論がなされ、東京の佼成学園とも議論になった。最終的には３投手の継投で守り勝ってきた国学院栃木の堅実な試合運びが上回った。

　また２１世紀枠の膳所（ぜぜ）を含め、滋賀から３校出場も異例。地域性を問う質問も出たが、選考委員会の八田委員長（日本高野連会長）は、あくまで２１世紀枠の選考は別枠とし、一般選考で２校が選ばれた結果と説明した。

　その２１世紀枠はまず東日本と西日本にエリア分けし、２校を選出。ともに地域への貢献、密着度から由利工（秋田）と伊万里（佐賀）が選ばれた。３校目に関しては白熱した議論の結果、文武両道の観点から膳所。２１世紀枠の意義を伝える上で、八田委員長は３校の選考理由に「我々からのメッセージでもある」と話した。