日本高野連と朝日新聞社は5日、大阪市内で臨時運営委員会を開き、今夏甲子園の2部制時間帯における継続試合の運用について発表した。観客の入れ替えを伴う2部制の第1試合（午前8時開始）は原則として同11時で継続試合とし、同10時45分時点で試合が終了していない場合は、主催者と甲子園で協議し、どのイニングまで続行するかを判断する。第2日以降は試合が午後7時30分を過ぎて終了した場合は次の試合を行わない。開始すれば原則として終了まで行うが、同10時を過ぎる見込みとなった場合は続行可否を協議する。昨年は午後1時30分および同10時を過ぎて新たなイニングに入らない方針だったが、今年は運営側の裁量を増やす形となった。延期された試合や継続試合は翌日以降に行われる。

また、昨夏同様、試合前ノックは5分間とし、希望すれば行わないことも可能とする。5回終了時のクーリングタイムも昨年に続き、8分間となった。

8月5日の開幕試合の始球式は、昨年12月に開催された「アジア甲子園2025オールスター選手（U18）」に出場したインドネシア人選手2人が務める。