嵐で延期されていた第2戦が行われ、MF長谷部誠、MF鎌田大地が所属するフランクフルト（ドイツ）がFW奥川雅也が所属するザルツブルク（オーストリア）を下し、16強が出そろった。2回戦の組み合わせは以下の通り。第1戦は3月12日、第2戦は19日に行われる。

※左のチームが第1戦のホーム

バシャクシェヒル（トルコ）－コペンハーゲン（デンマーク）

セビリア（スペイン）－ローマ（イタリア）

フランクフルト（ドイツ）－バーゼル（スイス）

LASK（オーストリア）－マンチェスターU（イングランド）

オリンピアコス（ギリシャ）－ウルバーハンプトン（イングランド）

レンジャーズ（スコットランド）－レーバークーゼン（ドイツ）

ウォルフスブルク（ドイツ）－シャフタル・ドネツク（ウクライナ）

インテルミラノ（イタリア）－ヘタフェ（スペイン）