今夏の地方大会では全国で9校が、部員らに感染者が出たとして出場を辞退した。辞退校の中には今春のセンバツを制し、門馬監督が今夏限りでの退任を表明していた東海大相模や、19年夏準優勝の星稜も含まれていた。米子松蔭は鳥取県高野連が辞退発表後、野球部員の陰性が確認され、SNSなどで各界から対応を求める声が続出。一転して出場が認められ、当初は不戦敗となっていた境戦に3－2でサヨナラ勝ちした。甲子園代表校では大会直前に作新学院野球部員3人の陽性が確認された。東北学院は11日の愛工大名電戦に勝利後、選手1人が13日夜と14日朝のPCR検査でともに陽性と診断された。