３月１５日午前０時半ごろ、巨人が「朝日新聞の取材に対する反論」と題する文書を報道各社に送付。朝日新聞は午前１時前に電子版で「巨人、６選手に契約金３６億円、球界申し合わせ超過」の見出しとともに６人の実名を挙げ記事を掲載。同日の紙面でも報じた。さらに同日午後１時半ごろ、朝日新聞社に謝罪を求め抗議書を送付した巨人は同日に桃井球団社長が会見。「内部資料が流出していたというのは確かだろう。契約書類は経理部長の金庫に厳重に保管されている。それにアクセスできるのは経理部長以外に、球団社長と球団代表」と極秘内部資料流出を問題視した。

　朝日新聞は同日午後７時半すぎ、「取材は球団の内部資料と複数の関係者の証言に基づく確かなもの」とのコメントを発表。１６日付朝刊では、巨人が二岡（現日本ハム）の所属した大学監督に業務委託金２０００万円を将来支払う覚書があったなどと続報を掲載。

　１８日、清武氏は共同通信の取材に応じ「（過去の契約についての）資料は回ってこない。金庫の場所も知らないし、アクセスしたこともない」と流出関与を否定。「狙いをこちらに向けている」と不快感を示した。これを受け巨人も同日深夜、反論文を報道各社にファクス。「資料が回ってこない」とする同氏に対し、「真っ赤なウソである」と断じた。