3区（21・4キロ）は、2区で9位から2位に浮上した青山学院大（青学大）の太田蒼生（3年＝大牟田）が、史上初の2季連続3冠を狙う駒沢大（駒大）の佐藤圭汰（2年＝洛南）とデッドヒートを繰り広げた。
22秒差を巻き返し、7・6キロ付近でぴったりと並走。解説の早大OB渡辺康幸氏から「異常な走り」と評される快走で、14キロ目前で首位に立つ。その後は、細かく入れ替わりながらも優位に進めた。18・2キロでサングラスを外すと、ギアを一段上げて逃げ切り体勢に。一気に抜け出し、日本人選手で初めて1時間を切る59分47秒で、2位に4秒差をつけてタスキをつないだ。
城西大は初の留学生ヴィクター・キムタイ（2年）が力強い走りを披露し、5位から3位に押し上げた。
創価大は3位から8位に、早大は4位から7位へ後退。14位でタスキを受けた帝京大の柴戸遼太（2年）は、5人抜きで9位まで順位を上げた。
