12球団が参加し、ドラフト会議が行われた。注目の「GGBOYZ」は巨人、ソフトバンク、楽天の3球団が競合。抽選でソフトバンクへの入団が決まった。

また女子小学生が2人所属する「5年☆組～あしんとらず学級～」はロッテとDeNAの2球団が指名。抽選でロッテへの球団が決まった。

◆ドラフト結果

楽天　－閃華裂光－

ロッテ　5年☆組～あしんとらず学級～

オリックス　Libalent　Calamari

日本ハム　ばぼにゃんず

ソフトバンク　GGBOYZ

西武　Cool＆Cool

阪神　ぽぽじろう学園高等部3年A組

DeNA　ハイパービーム

中日　私を闘会議に連れってネオ

巨人　SpRush！！

ヤクルト　ウルトラリベンジャーズ

広島　やのっち監修【メロンの海苔塩風味Mild仕立て】

今回のドラフトは「第4回スプラトゥーン甲子園」に出場したチームからオフライン選考会などを通過した18チーム（1チームは4人）が指名対象。選ばれた12チームはプロ野球12球団を代表するチームとして、5月18日、19日に行われる「NPB　eスポーツシリーズ　スプラトゥーン2」に出場し、初代日本一を目指す。