新型コロナウイルスの集団感染と判断された浜田（島根）帝京五（愛媛）有田工（佐賀）九州学院（熊本）の組み合わせが決定した。第8日第1試合は有田工－浜田、第2試合は九州学院－帝京五となった。当該4校は抽選会には出席せず、チームからの委任で日本高野連の宝馨会長（65）が代理でくじを引いた。
代表49校対象のPCR検査の結果、当該4校は2日午前に専門家を含めた緊急対策本部の会議で集団感染と判断された。それに伴い、大会日程と抽選方法を変更。4校は当初の予定で最も遅い登場となる第7日の第1試合から第3試合のいずれかに入るようにし、当初の第7日と第8日の3試合ずつを入れ替える措置をとった。
昨夏と今春の大会ではコロナ感染による辞退が相次いだ。昨夏は宮崎商が初戦の前に、東北学院（宮城）も大会中に辞退。今春も京都国際が開幕前日に辞退を発表し、広島商は2回戦を辞退した。
今回の対応について日本高野連は「4校が2回戦からの登場になることで、不公平感を指摘する声もあるかもしれませんが、いつ自分たちが感染してもおかしくない、という状況のもとですから、お互いさまの精神、互譲の精神で出場校をはじめ皆さま方のご理解ご協力をいただければ幸いです」と理解を求めている。
【関連記事】夏の甲子園組み合わせ抽選会 いきなりの強豪対決あるか／ライブ速報中
