3回戦8試合が行われ、3日の準々決勝進出チームが出そろった。出場16校以上となった30回（50年度）大会以降、94、95、98回大会の準々決勝で東日本勢が1校となったことはあるが、全滅は初めてとなった。
全て西日本勢となった準々決勝の組み合わせと、各チーム監督のコメントは以下の通り。
＜1＞佐賀工－東福岡（午前10時30分）
◆佐賀工・枝吉巨樹監督
「（東福岡は）毎年強くて優勝を狙えるチーム。本当に（自分たちが）優勝を狙うのであれば、東福岡を倒さないと先は見えない。今日みたいにタックルをして、どれだけ相手の出足を止めるのかというのが一番のキーワードになる」
◆東福岡・藤田雄一郎監督
「佐賀工業の対策をして、まずはベスト4にいかないと（優勝の）目標は達成できない」
＜2＞大阪桐蔭（大阪第2）－京都成章（同11時55分）
◆大阪桐蔭・綾部正史監督
「（前回大会の3回戦で敗れたが）今年は今年。常にチャレンジャー精神を持ってやりたい。次を超えたら大きなチームになる。そこを期待したい」
◆京都成章・湯浅泰正監督
「もうここまできたら、どこと当たっても強い。相手どうこうよりも、うちの持っていることを、どれだけ出せるか。それに集中したい」
＜3＞天理（奈良）－長崎北陽台（午後1時20分）
◆天理・松隈孝照監督
「サニックス（ワールドユース）で負けている相手なので、やりがいがある。FWも大きいし、BKにはスピードがある印象。ディフェンスで粘りたい」
◆長崎北陽台・品川英貴監督
「天理はフィジカル、接点が強いチームで統率力があり、まとまった強いチームという印象。北陽台らしく、速いディフェンスで規律を守ってペナルティーを減らし、速い攻撃、展開ラグビーをしたい」
＜4＞東海大大阪仰星（大阪第3）－報徳学園（兵庫）（午後2時45分）
◆東海大大阪仰星・湯浅大智監督
「春夏のチャンピオンチームですから、しっかりとチャレンジしていきたい。今年は特に強みがあるわけじゃないので、基礎基本を徹底して、最後、結末をしっかりと丁寧にして、全員で響き合って、しっかり体現したい」
◆報徳学園・西條裕朗監督
「どことやっても、うちらしいラグビーを追求した試合をしたい。前回大会の敗戦が、うちのチームの大きなクスリになっている。リベンジしにいきたい」
