プロ野球のドラフト会議が行われ育成枠を含め計104選手が指名を受けた。3度目のドラフトで指名を待った独立リーグ徳島・谷田成吾外野手（25＝慶大、JX－ENEOS）、社会人のホンダ鈴鹿・平尾奎太投手、日本生命・高橋拓巳投手、大学生では明大・逢沢峻介外野手、名城大・栗林良吏投手、高校生では明秀学園日立・細川拓哉投手らが指名されなかった。主な指名漏れ選手は以下の通り。

【高校生】

埼玉栄・米倉貫太投手

明秀学園日立・細川拓哉投手

藤嶺藤沢・矢沢宏太投手

下関国際・鶴田克樹投手

【大学生】

国際武道大・伊藤将司投手

明大・逢沢峻介外野手

法大・菅野秀哉投手

法大・向山基生外野手

日大・長沢吉貴外野手

中大・吉田叡生外野手

駒大・白銀滉大投手

東海大・平山快内野手

静岡産大・鈴木彩隼投手

名城大・栗林良吏投手

関大・山本隆広投手

立命大・山上大輔投手

奈良学園大・米満凪内野手

九産大・岩城駿也内野手

【社会人】

東芝・岡野祐一郎投手

東京ガス・臼井浩投手

東京ガス・笹川晃平外野手

ホンダ鈴鹿・平尾奎太投手

ホンダ鈴鹿・松本桃太郎内野手

日本生命・高橋拓巳投手

独立リーグ徳島・谷田成吾外野手