９３年のドラフトから、大学生と社会人選手に限って入団する球団を選べる逆指名制度が導入された。ドラフトの上位２位までが対象。同時に、球団間の争奪戦による契約金の高騰化防止を目的に最高標準額を１億円とすることを１２球団で申し合わせた。

　翌年からは５０００万円までの出来高払いも設定できるようになった。出来高払いは定められた成績をクリアすれば手にできる追加報酬。ただ、これらは、あくまで１２球団による申し合わせで、プロ野球の“憲法”といわれる野球協約には明記されていない。また９４年には公正取引委員会が、契約金に上限を設けると独占禁止法に抵触する恐れがあるとの見解を示した。

　そのため、罰則などの規定はなかったが、０７年に流れが大きく変わった。西武がアマ２選手への不正な金銭の供与が発覚した際に設置した調査委員会の調べで９４年から０５年の間に、１５選手に対し最高標準額を超える契約金、総額１１億９０００万円が支払われたことが公表された。その後、横浜（現ＤｅＮＡ）が０５年に入団した那須野巧投手に５億３０００万円の契約金を支払ったことも明らかになり、最高標準額超過の実態に世論が批判的な目を向けた。

　当時の根来コミッショナー代行は、両球団を厳重注意処分とした上で「過去の話をいろいろほじくり返して個人攻撃をするのではなく、今後どうするかという話を進めていきたい」と話した。これらがきっかけとなって、世論の批判は選手が球団を自由に選べる制度に向かい、同年のドラフトから選手の球団選択の自由が消滅した。契約金も１億円、出来高払いも契約金の５０％を上限とするよう変更されて、違反球団は処分する方針となった。

　＜９３年以降のドラフト＞

　９３年＜逆指名導入＞１位２位選手に逆指名制度導入。最高標準額を契約金１億円にするがダイエーが青学大・小久保裕紀内野手と１億６０００万円で契約。

　９４年＜１億＋５０００万＞契約金最高標準額１億円プラス出来高払い５０００万円に再設定（年俸は無制限）。球団職員や練習生の獲得ができなくなる。

　０１年＜年俸に上限＞逆指名からドラフト会議前に２人まで獲得できる自由枠に変更。新人選手の年俸最高標準額が１５００万円に。

　０４年＜裏金事件＞明大・一場靖弘投手をめぐり、巨人、横浜、阪神が学生野球憲章に反して現金を渡していた「裏金事件」起きる。

　０５年＜倫理行動宣言＞６月、新人選手獲得活動において利益供与は一切行わない、などの「倫理行動宣言」を実行委員会が発表。ドラフトを高校生と大学・社会人に分離開催。大学生・社会人はドラフト前に１人獲得できる希望枠を導入。育成ドラフト実施。

　０７年＜契約上限１億＞西武がアマ２選手に金銭供与していたことが発覚。調査委員会の調べで西武、横浜が最高標準額を超える契約金を支払っていたとして、厳重注意処分が科された。ドラフト希望枠は撤廃、契約金上限を１億円とし、出来高払いは５０％までに。

　０８年＜ドラフト統合＞高校生ドラフトと大学・社会人ドラフトを統合、一括開催に戻る。