巨人は３日、３月２９日に朝日新聞に送付した質問状の回答を受け、同回答文についてのコメントを発表した。朝日新聞３月２９日付朝刊の、公正取引委員会事務総長を取材した記事について「偏った報道は極めて遺憾」としていたが、朝日側は「公取委事務総長の発言を正確に反映したもの」と回答。巨人のコメントは以下の通り。

　「３月２９日付の朝日記事は、山本和史・公正取引委員会事務総長の定例記者会見での発言として、公取委が１９９４年にＮＰＢからプロ野球選手の新人契約金に上限を設けることの是非について相談を受けた際、『労働契約の性格を備えているとみられ、独占禁止法にただちに違反するという認識はないと回答した』などと断定的に記載しています。当球団の質問状では、山本事務総長が会見で『雇用契約とは断定していない』『相談の途中ではいろいろな話があると思う』とも述べていることなどから、同記事が公取委の見解の一部のみを強調する意図的な偏向記事であると指摘し、見解をただしたものです。朝日は回答で『公取委事務総長の発言を正確に反映したもの』などとしており、極めて不誠実なものであると考えます」

　朝日新聞のＨＰによると、朝日新聞の回答文では「記事は、山本事務総長が発言した内容を正確に取り上げたものです」と説明し、「プロ野球界が過去に示した見解、朝日新聞社の３月２８日の取材に対する日本野球機構の説明などを掲載しており、公正な報道であったと考えております」と記載しているという。